肝癌常发生在慢性C 型肝炎所导致的肝硬化患者身上，肝硬化病人每年约有2－5％发展成肝癌。在日本，肝癌发生于慢性C型肝炎者比B型肝炎多，在过去10年中已增加2倍。而且肝癌发生之危险率是随肝硬化严重程度而增加，有关慢性C型肝炎及肝硬化病人接受干扰素治疗的研究发现，C型肝炎合并肝硬化病患以干扰素治疗导致
肝癌之机率比没有干扰素治疗者减少。如慢性C型肝炎带原者尚未进展成肝硬化时就接受干扰素治疗，则其疗效更佳。但是失去代偿性肝硬化者（即中晚期肝硬化）则不应接受干扰素治疗，应考虑肝脏移植。
日本最早于1995 年发表干扰素治疗可以降低慢性C性型肝炎导致肝癌之研究。此研究显示，以干扰素治疗3至6个月，无论病患之肝功能有无改善，经4年追踪，发现使用干扰素治疗者只有4％发生肝癌，未接受干扰素者却有25％发生肝癌。接着很多研究证实此种结果。日本有一个国家计划，比较2400位接受干扰素治疗及490位未接受干扰素治疗的C型肝炎患者，发现接受干扰素治疗者，其肝癌发生率大幅降低。日本另外一个大型研究共有1022位慢性C型肝炎病患，接受干扰素治疗，平均追踪3年，有54位罹患肝癌，其中对干扰素有完全反应者其肝癌发生率只有4.3％，短暂性反应者其肝癌发生率则为4.7％，无反应者为26.1％。另外一研究发现干扰素可以降低
肝癌发生率达13％，降低死亡率达16％。
